Systembiologi och kunskapsrepresentation

Systembiologi är databaserad hypotesdriven biologisk forskning: Genom att formalisera biologisk kunskap i ett strikt format kan vi ta hjälp av datorn för att resonera om biologiska hypoteser (datamodeller). Målet är att förstå hur systemets funktion uppstår ur och formas av underliggande biologiska mekanismer. Systembiologi är därmed närbesläktat med Kunskapsrepresentation, ett fält inom AI-forskningen som fokuserar på att formalisera kunskap och utveckla metoder för Machine Reasoning.Kursen fokuserar på metoder för att söka och formalisera biologisk kunskap i kunskapsmodeller, metoder för visualisering och simulering av dess modeller, på användning av modellerna för att förstå biologiska funktioner, och på systembiologicykeln med förutsägelser och valideringsexperiment.Kort och gott fokuserar kursen på att utnyttja datametoder inom hypotesdriven forskning och omfattar såväl klassiska (system-)biologiska metoder som AI-metoder.Denna kurs kan läsas tillsammans med den parallella kursen Exposom och hälsa, 7,5 hp. Kursen ingår också som modul i kursen Exposom och systembiologi i hälsa och sjukdom, 15 hp.